自方舟探索事工開展之後，有人對這個富爭議性的課題有猜測和疑問，為了令一眾教牧、信徒可以釐清疑團，節目《方舟的爭議與真相》就會從宣傳、籌款和事工方向上，解答坊間的疑問，亦會有各地牧者包括吳宗文牧師、郭文池牧師、林以諾牧師和黃錦光牧師從方舟探索的爭議上，帶出信徒要警醒、守望的地方。